RIP-seq
一、基本概念
RIP-seq（RNA Immunoprecipitation sequencing）是一种结合RNA免疫沉淀（RNA immunoprecipitation, RIP）和高通量测序技术的方法，用于研究RNA与蛋白质相互作用的全基因组水平。研究者可以使用特定的抗体选择性地富集RNA与感兴趣的RNA结合蛋白，随后通过高通量测序技术分析富集的RNA，揭示RNA与蛋白质之间的相互作用网络。
二、研究意义
1.揭示RNA与蛋白质相互作用：RIP-seq可以帮助研究者全面了解RNA与特定蛋白质之间的相互作用，包括长非编码RNA（lncRNA）、microRNA（miRNA）、mRNA等与结合蛋白之间的交互作用。
2.发现新的RNA结合蛋白：通过RIP-seq可以发现新的RNA结合蛋白，并深入了解这些蛋白质在基因表达调控中的作用。
3.揭示细胞信号传导网络：RIP-seq可以揭示RNA与蛋白质之间的相互作用网络，有助于理解细胞信号传导途径及调控机制。
4.研究疾病机制：通过分析RNA与蛋白质的相互作用，可以揭示在疾病发生发展中RNA结合蛋白的异常表达或功能异常，为疾病机制研究提供新的线索。
总的来说，RIP-seq在揭示RNA与蛋白质相互作用、发现新的RNA结合蛋白、研究细胞信号传导网络和疾病机制等方面具有重要的研究意义，为深入理解基因表达调控、生物学过程和疾病发生提供了有力的工具和方法。
三、样本选择/数据准备
取样应遵循代表性、准确性、重复性、及时性、低温性，取样及预处理都应该迅速且在无菌条件下进行。
动物样本：小型动物组织样本应>1g，个体较大动物组织样本应>2g，脂肪组织样本应>10g，昆虫等整只个体应>3g；
肿瘤组织样本>1g；
植物组织：花序、花蕊、花粉：>2g，果实样本>10g，其他植物组织样本>5g；
细胞样本：1×108个
测序数据量一般为6Gbase即可满足ATAC-seq测序需求。（注：该项技术需要所研究物种的完整参考基因组序列）
四、技术流程
