全基因组甲基化
一、基本概念
DNA甲基化是一种常见的表观遗传修饰形式，其在基因调控和表观遗传稳定性等方面发挥着重要作用。全基因组甲基化测序是一种用于研究基因组DNA上甲基化修饰的技术。在全基因组甲基化测序中，首先会对DNA进行重亚硫酸盐处理，以将未甲基化的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），而5-甲基胞嘧啶残基（5mC）不会发生转变。这样，在后续的测序过程中，就可以通过检测U（在测序时会被识别为胸腺嘧啶T）和C的差异来推断DNA的甲基化状态，然后利用高通量测序技术对DNA进行测序，最终分析DNA上的甲基化模式和水平。
二、研究意义
1.帮助理解基因组的表观遗传调控机制，在基因表达调控和细胞命运决定等方面发挥重要作用；
2.揭示疾病发生发展中DNA甲基化的变化，为相关疾病的诊断和治疗提供依据；
3.为肿瘤的早期诊断、治疗及预后评估提供重要信息；
4.探索环境因素对DNA甲基化的影响，揭示环境和遗传相互作用的机制；
5.提供对生物进化、种群遗传变异和表观遗传遗传学的新视角。
通过全基因组甲基化测序技术的应用，研究人员可以更全面地了解 DNA 甲基化在基因组调控中的作用，进一步深化对遗传和表观遗传之间关系的理解。
三、样本选择/数据准备
DNA甲基化测序，需要首先使用重亚硫酸盐转化试剂盒对待测样本及甲基化位点已知的内参DNA进行前处理，处理后的样本使用illumina nova测序测序数据量不少于30×NGS_data，通过软件及已知的基因组序列信息对样本进行初步评估，评估合格后进行后续处理。
|
样本处理
|
测序平台
|
测序量
|
参考基因组
|
|
重亚硫酸盐处理
|
illumina nova
|
≥30×NGS_data
|
需要
|
四、技术路线
